Genetik - Wintersemester

Mittelbaukurs Moderne Genetik und Genomik

  Occasionally, some phenomenon is discovered that turns the accepted view of nature on its end and excites the imagination of those who learn of it. RNAi is such a phenomenon. RW Carthew, "Gene silencing by double stranded RNA" ,Current Opinion in Cell Biology 2001, 13: 244-248
Ausarbeitung und Durchführung eines Forschungsprojekts

Gruppenexperimente:

Genetische Analyse mittels RNAi (RNA interference).
RNAi ist eine neue Methode, um die Expression eines bestimmten Gens zu blockieren. Wir werden RNAi gegen eine bestimmte Klasse von Genen durchführen. Mit Hilfe einer Datenbank (wormbase) suchen Sie zuerst alle Gene dieser Familie aus dem Genom von C.elegans heraus. Das RNAi-Experiment wird mit Hilfe von Bakterien durchgeführt, welche dsRNA gegen ein bestimmtes C.elegans -Gen produzieren. Indem wir diese Bakterien an C.elegans verfüttern, hoffen wir einen RNAi Phänotypen zu erzeugen.

Genetischer screen mit Hilfe eines Fluoreszenz markers.
Gewisse Phänotypen sind zum Teil nur schwer auf Grund morphologischer Merkmale zu erkennen. Zudem können sehr unterschiedliche Defekte während der Entwicklung zu sehr ähnlichen morphologischen Phänotypen führen. Sie werden in diesem Experiment deshalb versuchen, Mutanten mittels eines fluorenszierenden molekularen Markers zu identifiezieren. Dieses Vorgehen sollte es Ihnen ermöglichen sehr spezifische Defekte zu erkennen.


Lesen und Diskussion von wissenschaftlichen Arbeiten
 

Präsentationstechniken wissenschaftlicher Arbeiten
 
 

Zu beiden Projekten sollen Sie einen Projektantrag schreiben:
Geben Sie eine kurze Einführung in die Thematik, die eigentliche wissenschaftliche Fragestellung sowie die angewendete Technik. Bereiten Sie sich vor, Ihr Projekt den anderen KursteilnehmerInnen mit einem Vortrag vorzustellen. Ihre Resultate werden Sie am Kursende auf einem Poster darstellen.

Methoden:
Genetik:
Für das RNAi Experiment werden Sie eine Bakterienbibliothek verwenden, in der Sie für jedes Gen einen Klon finden, welcher dsRNA gegen ein bestimmtes C.elegans Gen produziert.
Bioinformatik:
Mit Hilfe einer Datenbankabfrage suchen Sie vorgängig alle im C.elegans -Genom codierten Gene einer bestimmten Klasse heraus.
Genetik:
Im zweiten Experiment werden Sie eine Mutagenese an C.elegans durchführen.
Mikroskopie:
Unter der F2 Nachkommenschaft werden Sie mit Hilfe von Fluoreszenzmikroskopie Mutanten heraussuchen, welche einen Defekt in der Expression eines Reportertransgens zeigen.

Kursexperiment:

Moderne Genkartierung in C.elegans mittels SNP's (single nucleotide polymorphisms)

Ziel dieses Experiments ist, Mutationen in Genen zu kartieren, welche die Entwicklung von C.elegans steuern. Dazu verwenden Sie modernste Kartierungstechniken. Es wird eine neue Methode eingesetzt, welche auf kleinen Unterschieden (Polymorphismen) im Genom verschiedener, nahe verwandter C.elegans Stämme beruht (SNP mapping). Mittels PCR-Analyse können so verschiedene Mutationen einem der sechs Chromosomen und eventuell auch einer chromosomalen Subregion zugeordnet werden.  
snp-Gel